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Micro-entreprise

Arrêt maladie en auto-entrepreneur : qui est indemnisé, et comment

Un auto-entrepreneur peut toucher des indemnités journalières pendant un arrêt maladie. Il faut d’abord un an d’affiliation, une incapacité constatée par un médecin et un revenu moyen au-dessus d’un seuil. Les trois premiers jours ne sont en principe pas indemnisés. Le montant dépend des revenus pris en compte sur trois ans, pas de ce que vous facturez le jour où vous tombez malade.

Mis à jour le 3 novembre 2026 · Rédaction Souscrio

L'essentiel

  • Un an d’affiliation minimum, compté à la date du constat médical.
  • Sous 10 % de la moyenne des plafonds, l’indemnité est nulle, sauf exceptions.
  • Montant journalier : 1/730e de la moyenne de vos revenus sur trois ans.
  • Des cotisations impayées réduisent l’indemnité à proportion.
  • L’option pour les cotisations minimales protège un petit chiffre d’affaires.

Êtes-vous éligible ? Les trois filtres

Le premier filtre est l’ancienneté. Selon l’article D622-1 du code de la sécurité sociale, vous devez compter au moins un an d’affiliation le jour où le médecin constate l’incapacité. Si votre affiliation est plus récente, demandez à votre caisse si des droits liés à une activité précédente peuvent jouer.

Le deuxième filtre est le revenu. Si votre revenu annuel moyen reste sous 10 % de la moyenne des plafonds annuels de la Sécurité sociale sur la période retenue, l’indemnité est nulle (article D622-8). Exception : l’article D622-9 prévoit une assiette minimale pour des allocataires du RSA ou bénéficiaires de la prime d’activité.

Le troisième filtre tient à votre situation. L’indemnité maladie est exclue si vous percevez déjà, par exemple, une pension d’invalidité ou des indemnités de maternité ou de paternité (article D622-2). Un arrêt prescrit pendant une cure thermale n’ouvre pas de droit (article D622-4).

Combien toucheriez-vous en arrêt de travail ?Une estimation selon votre statut, gratuite et sans inscription.

Le jour de l’arrêt : les bons gestes

Faites constater l’arrêt par votre médecin et transmettez-le vite à votre caisse primaire. Pour les professions libérales, Service-public fixe ce délai à 48 heures après l’interruption de travail. Gardez ce repère quelle que soit votre activité.

Aucune indemnité n’est versée pour les trois premiers jours. Pour un accident, ce délai ne joue qu’au premier des arrêts qu’il entraîne (article D622-5). Notez la date du constat médical : elle détermine les trois années civiles retenues pour le calcul.

Le calcul, et deux points qui le font baisser

L’indemnité journalière vaut 1/730e de la moyenne des revenus retenus pour vos cotisations maladie, sur les trois années civiles avant le constat (article D622-7). Elle est plafonnée. Avec le plafond 2026 de 48 060 €, Service-public indique un plafond journalier de 65,84 € pour les artisans, les commerçants et les libéraux non réglementés.

Premier point : si vos cotisations n’ont pas été payées en totalité, le revenu pris en compte est réduit à proportion. Régulariser un retard avant un arrêt n’est donc pas un détail. Second point : le revenu retenu dépend de votre régime de cotisations. Notre page sur la prévoyance en auto-entrepreneur montre l’effet de l’abattement selon votre activité.

L’option qui protège un petit chiffre d’affaires

Un micro-entrepreneur peut demander que ses cotisations ne descendent pas sous le montant minimal des cotisations sociales. Il paie alors des cotisations même avec un chiffre d’affaires nul. En échange, il s’assure certaines garanties, dont les indemnités journalières selon Service-public.

La demande va à l’Urssaf, par courrier ou par la messagerie de votre espace en ligne. Elle doit arriver au plus tard le 31 décembre pour s’appliquer au 1er janvier suivant. À la création, vous avez jusqu’au dernier jour du troisième mois qui suit le début d’activité. L’option reste valable jusqu’à ce que vous la dénonciez, au plus tard le 31 décembre de l’année qui précède. La fiche ne donne pas le montant minimal : demandez-le à l’Urssaf avant de choisir.

Durée de l’indemnisation et reprise progressive

Dans le cas courant, Service-public indique un total de 360 indemnités au plus sur trois ans. Un libéral relevant de la CNAVPL, à travers la Cipav par exemple, a un régime à part : versement à partir du quatrième jour et limite de 87 jours consécutifs pour une même incapacité (article D622-12).

Si votre médecin prescrit une reprise à temps partiel pour motif thérapeutique, vous pouvez percevoir la moitié de l’indemnité habituelle, en principe dans la limite de 90 jours. Pour un artisan, un commerçant ou un libéral non réglementé suivi pour une affection de longue durée, cette limite peut aller jusqu’à 270 jours (article D622-10, dans sa rédaction applicable aux arrêts prescrits à partir du 15 octobre 2026). Ne reprenez pas de missions sans en avoir parlé à votre caisse.

Reste ce que le régime ne prend pas en charge : selon Service-public, le risque d’accident du travail n’est pas couvert en tant que tel pour un entrepreneur individuel, et une assurance volontaire existe. Ajoutez la carence, le plafond et le seuil de revenu. C’est sur ces trous qu’un contrat de prévoyance se juge : sa franchise, sa base de calcul avec un chiffre d’affaires variable, et ce qu’il verse pendant une reprise partielle.

Pour qui ?

  • Micro-entrepreneur qui n’a pas encore un an d’affiliation
  • Activité au chiffre d’affaires modeste, proche du seuil
  • Libéral affilié à la Cipav qui veut connaître sa durée d’indemnisation
  • Auto-entrepreneur en retard dans ses cotisations
  • Freelance qui envisage une reprise progressive après un arrêt

À préparer

  • Les chiffres d’affaires déclarés depuis trois ans
  • Votre date d’affiliation et le nom de votre caisse de retraite
  • Un relevé de vos cotisations payées et restant dues
  • L’arrêt de travail établi par votre médecin

Questions fréquentes

Un auto-entrepreneur a-t-il droit aux indemnités journalières ?

Oui, s’il est affilié depuis au moins un an et si son revenu moyen dépasse le seuil de l’article D622-8. Sous ce seuil, l’indemnité est nulle, sauf exception prévue pour des allocataires du RSA ou bénéficiaires de la prime d’activité.

Combien touche un auto-entrepreneur en arrêt maladie ?

Un 730e de la moyenne de ses revenus sur les trois années civiles écoulées. Selon Service-public, le plafond journalier 2026 est de 65,84 € pour les artisans, les commerçants et les libéraux non réglementés.

Quel est le délai de carence d’un auto-entrepreneur ?

Trois jours. Pour un accident, il ne s’applique qu’au premier arrêt qui en découle.

Peut-on reprendre à mi-temps après un arrêt maladie ?

Oui, si la reprise à temps partiel est prescrite pour motif thérapeutique. Vous touchez alors la moitié de l’indemnité habituelle, en principe sur 90 jours au plus, avec une durée plus longue possible en cas d’affection de longue durée.

Que faire si mon chiffre d’affaires est très faible ?

Regardez l’option pour les cotisations minimales, à demander à l’Urssaf avant le 31 décembre pour l’année suivante. Elle implique de payer des cotisations même sans chiffre d’affaires.

Sources officielles

Information générale, à vérifier selon votre situation et votre contrat. Mis à jour le 3 novembre 2026.

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